プログラムで特許は取れるのか？

Yes。特許庁の知的財産権法逐条解説によると、平成14年に以下のとおりプログラムは物である旨を明記する法改正が行われた。

平成一四年の一部改正では、三項一号において、「物（プログラム等を含む。以下同じ。）」と定義することにより以降の条文において「物」に「プログラム等」が含まれることが明確化された。また、改正前の三項では、ネットワークを通じたプログラム等の提供行為が発明の実施に含まれることが明確でなかったため、従来の「譲渡」、「貸渡し」に加え「（プログラム等の）電気通信回線を通じた提供」を加え、この点の明確化が図られた。

 つまり、「～をする装置」などの回避策を使うまでもなく、プログラムも物理的な物と同様に特許が取れる。そしてそのプログラムを海外のサーバで動かし、日本国内の顧客に使わせる行為も「実施」に含まれることが明確化された。他人の特許を侵害するソフトウェアを「アメリカで動いてるサービスです」とか言っても抜け道にならないように、きっちり塞がれたのだ。